其他少見的真菌感染有曲菌、組織胞質菌、隱球菌和芽生菌等。在人的口腔中白色念珠菌屬于正常寄生菌，受其他共生菌的制約，一般情況下不致病，當人體抵抗力或免疫力降低及食管黏膜損傷時，如晚期癌、糖尿病、長期應用廣譜抗生素和免疫抑制劑，以及食管癌放療后、反流性食管炎等，隨著唾液咽下易引起食管炎。最常見的真菌感染性食管炎是念珠菌性食管炎。化膿性原發急性食管炎，雖有報道但極少見，亦可繼發于上呼吸道的鏈球菌及白喉桿菌感染。
