高爾基體是由數個扁平囊泡堆在一起形成的高度有極性的細胞器。常分布于內質網與細胞膜之間，呈弓形或半球形，凸出的一面對著內質網稱為形成面（forming face）或順面（cis face）。凹進的一面對著質膜稱為成熟面（mature face）或反面（trans face）。順面和反面都有一些或大或小的運輸小泡，在具有極性的細胞中，高爾基體常大量分布于分泌端的細胞質中。因其看上極像滑面內質網，因此有科學家認為它是由滑面內質網進化而來的。
扁平囊的直徑為1μm，由單層膜構成，膜厚6~7nm，中間形成囊腔，周緣多呈泡狀，4~8個扁平囊在一起，某些藻類可達一二十個，構成高爾基體的主體，稱為高爾基堆（Golgi stack）。高爾基體膜含有大約60%的蛋白和40%的脂類，具有一些和內質網(Endoplasmic Reticulum)共同的蛋白成分。膜脂中磷脂酰膽堿的含量介于內質網(Endoplasmic Reticulum)和質膜之間，中性脂類主要包括膽固醇，膽固醇酯和甘油三酯。高爾基體中的酶主要有糖基轉移酶、磺基-糖基轉移酶、氧化還原酶、磷酸酶、蛋白激酶、甘露糖苷酶、轉移酶和磷脂酶等不同的類型。
高爾基體由兩種膜結構即扁平膜囊和大小不等的囊泡組成。其表面看上去極像光面內質網。扁平膜囊是高爾基體最富特征性的結構組分。在一般的動、植物細胞中，3～7個扁平膜囊重疊在一起，略呈弓形 。弓形囊泡的凸面稱為形成面，或未成熟面；凹面稱為分泌面，或成熟面。小液泡散在于扁平膜囊周圍，多集中在形成面附近。一般認為小液泡是由臨近高爾基體的內質網以芽生方式形成的，起著從內質網到高爾基體運輸物質的作用。糙面內質網腔中的蛋白質，經芽生的小泡輸送到高爾基體，再從形成面到成熟面的過程中逐步加工。較大的液泡是由扁平膜囊末端或分泌面局部膨脹，然后斷離所形成。由于這種液泡內含扁平膜囊的分泌物，所以也稱分泌泡。分泌泡逐漸移向細胞表面，與細胞的質膜融合，而后破裂，內含物隨之排出 。不同細胞中高爾基體的數目和發達程度，既決定于細胞類型、分化程度，也取決于細胞的生理狀態。