根據鍵型，可以簡單地將高能磷酸鍵分類。
一、氧磷鍵型
氧磷鍵型（-O-P-）是由羥基（-OH）和磷酸脫水縮合得到的化學鍵。主要包括：
1.酰基磷酸鍵：
通常由羧基和磷酸脫水縮合得到。常見如乙酰磷酸、1,3-二磷酸甘油酸、氨甲酰磷酸等中的高能磷酸鍵。
2.焦磷酸鍵：
由磷酸與另一個磷酸分子上的羥基脫水縮合而成。常見如焦磷酸、ADP、ATP等中的高能磷酸鍵。
3.烯醇磷酸鍵：
為磷酸與烯醇式化合物脫水縮合得到的化學鍵。常見如磷酸烯醇式丙酮酸等中的高能磷酸鍵。
二、氮磷鍵型
氮磷鍵型（-N-P-）是由氨基（-NH2）與磷酸脫水縮合得到的化學鍵。常見的有磷酸肌酸、磷酸精氨酸等中的高能磷酸鍵。