從化學結構上看，黃曲霉毒素是高度取代的香豆素。其中 AFB1類為甲氧基、二呋喃環、香豆素、環戊烯酮的結合物。AFG1類結構為甲氧基、二呋喃環、香豆素和環內酯。自然環境下，在被污染的食品中只檢測出AFB1、AFB2、AFG1、AFG2、AFM1和 AFM2，其中以 AFB1存在量最大也毒性最高，AFM1是AFB1的代謝產物，毒性僅次于 AFB1。 [2]
黃曲霉毒素的各種代謝產物的毒性強弱順序是：AFB1> AFM1> AFG1>AFB2> AFM2> AFG2。從毒性順序可以看出，結構中雙呋喃環末端具有雙鍵結構的毒性大，不具雙鍵結構的毒性相對較小。