常規檢測HLA抗原的方法為Terasaki 和McClelland提出的微量細胞毒實驗。單克隆抗體和熒光素的開發使得流式細胞儀在各個領域得到空前的發展，多參數同時測定使得流式細胞術得以快速，靈敏，特異地檢測某一特定細胞群中某一特異性抗原的表達。與傳統方法相比，用流式細胞儀來檢測HLA-B27的表達，靈敏度可達100%，特異性達97.4%，陰性結果強直性脊柱炎的排除率為99.9%；結果穩定，樣本之間，不同儀器之間，不同實驗室之間可重復性高。測定值高于參比值者為陽性，反之為陰性。
HLA-B27與遺傳的關系
遺傳因素在AS的發病中具有重要作用。據流行病學調查，AS病人HLA-B27陽性率高達90%～96%，而強直性脊柱炎普通人群HLA-B27陽性率僅4%～9%；HLA-B27陽性者AS發病率約為10%～20%，而普通人群發病為1‰～2‰，相差約100倍。有報道，AS一組親屬患AS的危險性比一般人高出20～40倍，國內調查AS一級親屬患病率為24.2%，比正常人群高出120倍。HLA-B27陰性健康者，親屬發生AS的機率遠比HLA-B27陽性AS病人親屬低。所有這些說明HLA-B27在AS發病中是一個重要因素。
但是應當看到，一方面HLA-B27陽性者并不全部都發生脊柱關節病，另一方面約有5%～20%脊柱關節病病人檢測HLA-B27呈陰性，提示除遺傳因素外，還有其他因素影響AS的發病，因此HLA-B27在AS表達中是一個重要的遺傳因素，但并不是影響本病的唯一因素。
有幾種假設可以解釋HLA-B27與脊柱關節病的關系：
①、HLA-B27充當一種感染因子的受體部位；
②、HLA-B27是免疫應答基因的標志物，決定對環境激發因素的易感性；
③、HLA-B27可與外來抗原交叉反應，從而誘導產生對外來抗原的耐受性；
④、HLA-B27增強中性白細胞活動性。
籍助單克隆抗體、細胞毒性淋巴細胞、免疫電泳及限制片段長度多形態法（restriction fragment length polymorphism），已確定HLA-B27約有7種或8種亞型。
多數HLA-B27分子還有M2抗原決定簇。HLA-B27M2陰性分子似乎比其他HLA-B27亞型與AS有更強的聯系，尤其是亞洲人，而HLA-B27M2陽性亞型可能對Reiter綜合征的易感性增強。現已證明，HLA-B27M1與M2兩種抗原決定簇和致關節因素紹克雷白菌、志賀桿菌和那爾森菌能發生交叉反應。反應低下者似乎多表現為AS，反應增強者則發展為反應性關節炎或Reiter綜合征。