一般的病因是機體應激反應與心理因素相互作用的結果，不同的個體都可能涉及遺傳、環境、心理、社會和胃腸感染等因素，導致胃腸動力改變、腦—腸軸相互作用的紊亂、自主神經和激素的變化等，伴有精神障礙（如恐慌、焦慮、創傷后應激紊亂等）、睡眠障礙和心理應對障礙的患者，應激性生活事件常可導致癥狀的加重，但對心理因素與IBS之間的確切聯系還不十分清楚。研究發現有1/3的IBS患者有胃腸道感染史，國內外都強調精神心理因素對IBS發病的影響，更加重視神經肽類和相關受體功能在IBS發病機制中的作用；近些年人們加強了IBS與炎癥性腸病（IBD）之間的聯系研究，少數學者甚至認為IBS為IBD的前期表現。