RNA酶保護試驗實際上是很早就出現的技術。在1982年出版的第一版圣經（分子克隆）還沒有提到。在1989年出版的第二版中已經出現：7.71 Mapping of RNA with Ribonuclease and Radiolabeled RNA(可參見中譯本P383-387）。在2001年出版的第三版中的第七章用了大量的篇幅介紹這一技術，可參見科學出版社的第三版中譯本P567-577，其中有RNA酶保護試驗的用途、優缺點、所用試劑、操作程序等。
根據實驗的經歷，我感覺到這個方法的的主要缺點如下：
1.這個實驗的前提是你必須首先要把要研究的基因克隆于一個載體，要清楚插入片段的方向，該載體插入片段兩側有T3、T7或SP6的啟動子位點。載體先要用合適的內切酶線性化，選擇正確的體外轉錄試劑盒，轉錄出要研究的mRNA 的互補鏈，再純化。總之RNA探針的制備夠麻煩。
2.核酸酶消化時，酶量的控制困難，容易消化過頭，X片上什么都沒有。
3.要用放射性同位素。從事生物研究的人誰不接觸放射性物質？但是該方法中不同于一般的探針標記，體積小，防護容易。它需要做垂直板狀PAGE，還要漂洗固定，粘有放射性的物質太多，如電泳的緩沖液、電泳槽、玻璃板、漂洗固定液及托盤。這還沒有算上RNA探針標記及隨后的純化過程。如果非同位素的標記和檢測能夠達到相同的靈敏度和不太昂貴的話，那太好了。