RecA蛋白首先與單鏈DNA結合（約每分子可結合5個核苷酸），形成一條DNA－蛋白質細絲（需消耗ATP）。于是RecA蛋白即被活化而可將雙螺旋解旋和分離，同時企圖將它結合的單鏈與被解旋區域退火，如此繼續下去，直到找到互補順序。只要一旦有一小部份被真正“退火”，ATP供應的能量就會繼續驅使配對反應趨于完成，其方向是5’→3’（單鏈部分）。當新的雜交雙鏈形成時，RecA蛋白即從原來的單鏈掉下來。所以，DNA上的斷裂和“空隙”有起始重組的作用。斷裂和“空隙”能提供核酸酶的作用位點，以降解雙螺旋中的一條鏈；或能提供解旋的酶的進入部位，從而暴露出能與RecA蛋白相結合的單鏈DNA。