X連鎖淋巴增生癥由SH2D1A基因突變或XLAP(又稱BIRC4)基因男性半合子或女性純合突變導致。這些基因突變導致特定蛋白減少甚至缺失,最終引發疾病。其中,SH2D1A基因突變引起的是1型X連鎖淋巴增生癥,XLAP基因突變導致X連鎖凋亡抑制因子缺陷引起2型X連鎖淋巴增生癥,現在多稱為X連鎖家族性噬血細胞綜合征。