1) 不同的元素激發和探測效率不同，有的元素很容易激發和檢測，有的元素很難激發和檢測，那么強度和含量的關系大不相同。
2) X射線熒光光譜分析中一個重要的難點是解決元素之間的吸收增強效應的問題。
最簡單的方法當然是采用標準樣品，通過檢測標準樣品的熒光強度，在熒光強度和含量之間通過最優化算法（線性或非線性最小二乘回歸或其它最優化算法），建立數學模型。采用建立的數學模型對未知樣品進行定量分析，通常稱之為經驗系數法。
