1．核酸雜交
是最常用，最可靠的方法之一，可大規模地分析文庫的克隆子。
1．同源探針：至少含有所需cDNA克隆的一部分確切序列，常用于以一個部分克隆分離cDNA文庫中的全長克隆。
2．部分同源探針：探針的序列與所要篩選的cDNA克隆的序列相關但不相同，常用于克隆家族基因。
3．總cDNA探針：
通過反轉錄酶均勻摻入放射性核苷酸或通過總的或分級分離得到的poly（A）+mRNA進行末端標記而獲得cDNA探針。
cDNA扣除探針：
從第一種mRNA制備cDNA探針，連續多次與20倍過量的第二種mRNA雜交；
回收未雜交的cDNA探針，再與100倍過量的第一種mRNA雜交，使得原mRNA中的一些特異序列得到高度富集。
* 主要用于探測cDNA文庫中與調節水平有所差別的mRNA克隆。
合成寡核苷酸探針
2．特異性免疫學檢測
在cDNA表達文庫中，目的基因的表達產物能與特異性抗體發生免疫學反應，通過酶學的方法加以檢測。
3．cDNA克隆的同胞檢測
將cDNA文庫分成若干組含有10-100個克隆子的易于處理的亞cDNA文庫，對每組亞cDNA文庫進行檢測，當鑒定出陽性庫后再不斷將其分成更細的庫進行檢測，直到獲得陽性單克隆。
4．cDNA克隆的確證
cDNA克隆含有編碼某一特定蛋白質的完整氨基酸序列的開放讀框。