原核mRNA的原始轉錄產物（除個別噬菌體外）都可直接用于翻譯，而真核mRNA一般都有相應的前體，前體必須經過后加工才能用于轉譯蛋白質。一般認為，真核mRNA的原始轉錄產物（也稱原始轉錄前體）， hn RNA（hetero-geneous nuclear RNA，核不均一RNA），最終被加工成成熟的mRNA。
mRNA前體的后加工包括以下四方面：
①裝上5′端帽子：轉錄產物的5′端通常要裝上甲基化的帽子；有的轉錄產物5′端有多余的順序，則需切除后再裝上帽子。
②裝上3′端多聚A尾巴：轉錄產物的3′端通常由多聚A聚合酶催化加上一段多聚A，多聚A尾巴的平均長度在20～200個核苷酸；有的轉錄產物的3′端有多余順序，則需切除后再加上尾巴。裝5′端帽子和3′端尾巴均可能在剪接之前就已完成。
③剪接：將mRNA前體上的居間順序切除，再將被隔開的蛋白質編碼區連接起來。剪接過程是由細胞核小分子RNA（如U1RNA）參與完成的，被切除的居間順序形成套索形（即lariat RNA中間體）。
④修飾：mRNA分子內的某些部位常存在N6-甲基腺苷，它是由甲基化酶催化產生的，也是在轉錄后加工時修飾的。
有的真核mRNA前體，由于后加工的不同可產生兩種或兩種以上的mRNA（如人的降血鈣素基因轉錄產物），因而能翻譯成兩種或兩種以上的多肽鏈。