克隆PCR產物的方法之一，是在PCR產物兩端設計一定的限制酶切位點，經酶切后克隆至用相同酶切的載體中。但實驗證明，大多數限制酶對裸露的酶切位點不能切斷。必須在酶切位點旁邊加上一個至幾個保護堿基，才能使所定的限制酶對其識別位點進行有效切斷。酶切位點（內切酶的識別序列）要加在引物的5'端，為保證PCR產物能被限制性內切酶的識別且有效的酶切，一般在引物的5'端酶切位點側邊加上保護堿基。具體為：5'-保護堿基＋酶切位點＋引物序列-3。
