（1）抗阿米巴治療 選用組織內殺阿米巴藥為主，輔以腸內殺阿米巴藥以根治大多首選甲硝唑，治愈率非常高。無并發癥者服藥后72小時內肝痛、發熱等臨床情況明顯改善，體溫于6～9天內消退，肝腫大、壓痛、白細胞數增多等在治療后2周左右恢復，膿腔吸收則遲至4個月左右。
（2）肝穿刺引流 早期選用有效藥物治療，不少肝膿腫已無穿刺的必要。對恰當的藥物治療5～7天，臨床情況無明顯改善，或肝局部隆起顯著、壓痛明顯，膿腫直徑大于6cm、有穿破危險者，采用穿刺引流。穿刺最好于抗阿米巴藥物治療2～4天后進行，穿刺部位多選右前腋線第8或第9肋間，或右中腋線上第9或第10肋間或肝區隆起、壓痛最明顯處，最好在超聲波探查定位下進行。穿刺次數視病情需要而寂靜，每次穿刺應盡量將膿液抽凈，膿液量在200ml以上者常需在3～5天后重復抽吸。膿腔大者經抽吸可加速康復。近年出現的介入性治療，經導針引導作持續閉合引流，可免去反復穿刺、繼發性感染之缺點，有條件者采用。
（3）抗生素治療 有混合感染時，視細菌種類選用適當的抗生素全身應用。