內鏡清洗消毒機基本結構一般包括設備支撐機架及外殼、液體輸送系統（包括電動閥門、液體泵、管道、噴淋過濾器等）、氣體輸送系統（包括氣泵、空氣過濾器）、軟式內鏡裝載空間（包括槽體或洗消腔體，內鏡管腔連接管道、槽蓋或腔體門）、自動控制系統（包括嵌入式控制軟件、控制電路板、傳感器、溫度控制裝置）、電源等組成。
