解剖功能綜合征患者口服膽囊造影劑多不顯影，內鏡逆行胰膽管造影（endoscopic retrograde cholangiopancreatog -raphy，ERCP）作為直接膽道造影的方法之一，是頗具診斷價值的檢查方法。文獻認為ERCP表現為：
（1）肝總管處可見邊緣光滑的圓形充盈缺損影，有人稱之為“反C征”，此充盈缺損以上的肝總管及肝內膽管顯著擴張，缺損以下的膽總管輕度擴張或正常，偶見肝總管被牽拉移位與膽總管形成“<”狀，是因為膽囊向心性萎縮所致。
（2）本征Ⅰ型肝內外膽管輕到中度擴張，Ⅱ、Ⅲ型中到重度擴張，以肝總管及肝內膽管擴張為著，完全梗阻者上段不顯影。
（3）膽囊萎縮，有部分患者膽囊不顯影，膽囊管明顯擴張伴結石影，膽囊膽管之間出現交通陰影時，表示有內瘺存在。
（4）部分患者合并膽總管結石。
（5）部分患者膽總管下端炎性狹窄或結石梗阻致排空不暢，膽管不顯影或顯影不良。
但肝總管受壓變窄及膽囊頸或膽囊管結石嵌頓引起的X線征象為非特異性的，在考慮解剖功能綜合征的同時，應排除急性膽囊炎手術后表現、膽管癌、膽囊癌及肝門淋巴結腫大等良惡性病變的可能。ERCP仍有可能對存在的膽囊肝總管瘺漏診。Myrian等對8例存在膽囊肝管瘺的病人行ERCP檢查，有2例患者未發現瘺管的存在，因而不能認為ERCP陰性就完全排除Ⅱ型解剖功能綜合征的存在，而術中膽道造影可彌補這一缺陷。當肝管狹窄嚴重時，行ERCP難以了解梗阻以上部位膽管情況，這時行經皮經肝膽管造影術（PTC）是適應證。但PTC也存在缺點，若膽囊與肝總管平行下降，顯影效果差，而這種解剖變異在解剖功能綜合征中比較常見；當肝總管梗阻較重時遠段膽管可能不顯影。