凍干機的整個凍干過程都是在低溫低壓環境下進行，凍干方式能有效地保留凍干產品的熱敏性成分及原有生物特性。
凍干過程是一個由低溫逐漸緩慢升溫的過程，如果升溫過快、溫度過高，容易導致最終凍干產品外觀崩塌、品相不佳，凍干過程分為：預凍、升華干燥、解析干燥等三個階段。
因此凍干一次一般需要24小時左右，具體凍干產品也有所不同，如果是結晶點低的生物制品，一般需要三十幾個小時。
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