在連接色譜柱之前，預先用即將使用的流動相體系置換以前用的流動相體系。
在連接色譜柱時，要趕走因色譜柱保存不當或長時間不用在色譜柱的進口或者出口處產生的一些氣泡。
連接色譜柱要注意標示的色譜柱進出口方向。
如果分析所用的溫度較高，應在較低的流速下比如0.2到0.3ml/min的流速下緩慢地升高溫度，當溫度達到設定溫度后，再慢慢地增大流速至設定值。
如果色譜柱需要較長的時間才能平衡穩定，檢查色譜柱連接處是否有漏液。
完成實驗分析后，在0.2ml/min的流速下，緩慢將柱溫箱溫度降到室溫。
色譜柱降至室溫后，要快速地用堵頭將儀器上拆下的色譜柱密封好，避免柱子里面的流動相溢出。
將色譜柱放入到廠家提供的包裝盒中，放置在溫度變化很少的室內，恒溫是最佳選擇。
柱子如長期不用，最好隔一段時間在儀器上沖洗一下，以確保柱子內的流動相不會揮發殆盡。