觀察凝膠中DNA的最簡便、最常用的方法就是利用熒光染料溴化乙錠進行染色。溴化乙錠是一種具有扁平分子的核酸染料，在高離子強度下，大約每2.5個堿基插入一個溴化乙錠分子。在DNA溴化乙錠復合物中，DNA吸收254nm處的紫外輻射并傳遞給染料，而結合的染料分子本身吸收302nm和399nm的光輻射，因此吸收的能量可在可見光譜紅橙區的590nm處重新發射出來。
因此對核酸分子染色之后，將電泳標本放置在紫外光下觀察，便可以十分敏感而方便地檢測出凝膠介質中DNA的譜帶部位，即使每條DNA帶中僅含有0.05g的微量DNA，也可以被清晰地顯現出來。在適當的染色條件下，熒光的強度是同DNA片段的大小或數量成正比的。在包含有幾種DNA片段的電泳譜帶中，每一條帶的熒光強度是隨著從最大的DNA片段到最小的DNA片段方向逐漸降低的。