探針冷競爭反應：
Nuclease-Free Water 4微升
EMSA/Gel-Shift結合緩沖液（5X） 2微升
細胞核蛋白或純化的轉錄因子 2微升
未標記的探針 1微升
標記好的探針 1微升
總體積 10微升
突變探針的冷競爭反應：
Nuclease-Free Water 4微升
EMSA/Gel-Shift結合緩沖液（5X） 2微升
細胞核蛋白或純化的轉錄因子 2微升
未標記的突變探針 1微升
標記好的探針 1微升
總體積 10微升
Super-shift反應：
Nuclease-Free Water 4微升
EMSA/Gel-Shift結合緩沖液（5X） 2微升
細胞核蛋白或純化的轉錄因子 2微升
目的蛋白特異抗體 1微升
標記好的探針 1微升
總體積 10微升
（2） 按照上述順序依次加入各種試劑 ,在加入標記好的探針前先混勻，并且室溫（20-25℃）放置10分鐘，從而消除可能發生的探針和蛋白的非特異性結合，或者讓冷探針優先反應。然后加入標記好的探針，混勻，室溫（20-25℃）放置20分鐘。
（3） 加入1微升EMSA/Gel-Shift上樣緩沖液（無色，10X），混勻后立即上樣。注意：有些時候溴酚藍會影響蛋白和DNA的結合，建 議盡量使用無色的EMSA/Gel-Shift上樣緩沖液。如果對于使用無色上樣緩沖液在上樣時感覺到無法上樣，可以在無色上樣緩沖液里面添加極少量的藍色的上樣緩沖液，至能觀察到藍顏色即可。
5. 電泳分析：
（1） 用0.5XTBE作為電泳液。按照10V/厘米的電壓預電泳10分鐘。預電泳的時候如果有空余的上樣孔，可以加入少量稀釋好的1X 的EMSA上樣緩沖液（藍色），以觀察電壓是否正常進行。
（2） 把混合了上樣緩沖液的樣品加入到上樣孔內。在多余的某個上樣孔內加入10微升稀釋好的1X的EMSA/Gel-Shift上樣緩沖液 （藍色），用于觀察電泳進行的情況。
（3） 按照10V/厘米的電壓電泳。確保膠的溫度不超過30℃，如果溫度升高，需要適當降低電壓。電泳至EMSA/Gel-Shift上樣緩 沖液中的藍色染料溴酚藍至膠的下緣1/4處，停止電泳。
（4） 剪一片大小和EMSA膠大小相近或略大的比較厚實的濾紙。小心取下夾有EMSA膠的膠板，用吸水紙或普通草紙大致擦干膠板邊 緣的電壓液。小心打開兩塊膠板中的上面一塊（注：通常選擇先移走硅烷化的那塊玻璃板），把濾紙從EMSA膠的一側逐漸覆蓋住整個EMSA膠，輕輕把濾紙和膠壓緊。濾紙被膠微微浸濕后（大約不足1分鐘），輕輕揭起濾紙，這時EMSA膠會被濾紙一起揭起來。把濾紙側向下，放平，在EMSA膠的上面覆蓋一層保鮮膜，確保保鮮膜和膠之間沒有氣泡。
（5） 干膠儀器上干燥EMSA膠。然后用X光片壓片檢測，或用其它適當儀器設備檢測。