別離純化某一特定蛋白質的普通程序能夠分為前處置、粗分級、細分級三步。
1.前處置：別離純化某種蛋白質，首先要把蛋白質從原來的組織或細胞中以溶解的狀態釋放出來并堅持原來的自然狀態（假如做不到呢？比方蛋白以包涵體方式存在），不喪失生物活性。為此，動物資料應先提出結締組織和脂肪組織，種子資料應先去殼以至去種皮以免手單寧等物質的污染，油料種子最好先用低沸點（為什么呢）的有機溶劑如乙醚等脫脂。然后依據不同的狀況，選擇恰當的辦法，將組織和細胞破碎。動物組織和細胞可用電動搗碎機或勻漿機破碎或用超聲波處置破碎。植物組織和細胞由于具有纖維素、半纖維素和果膠等物質組成的細胞壁，普通需求用石英砂或玻璃粉和恰當的提取液一同研磨的辦法或用纖維素酶處置也能到達目的。細菌細胞的破碎比擬費事，由于整個細菌細胞壁的骨架實踐上是一個借共價鍵銜接而成的肽聚糖囊狀大分子，十分堅韌。破碎細菌細胞壁的常用辦法有超聲波破碎，與砂研磨、高壓擠壓或溶菌酶處置等。組織和細胞破碎后，選擇恰當的緩沖液把所要的蛋白提取出來。細胞碎片等不溶物用離心或過濾的辦法除去。
假如所要的蛋白主要集中在某一細胞組分，如細胞核、染色體、核糖體或可溶性細胞質等，則可應用差速離心的辦法將它們分開，搜集該細胞組分作為下步純化的資料。假如碰上所要蛋白是與細胞膜或膜質細胞器分離的，則必需應用超聲波或去污劑使膜構造解聚，然后用恰當介質提取。
2. 粗分級別離：當蛋白質提取液（有時還雜有核酸、多糖之類）取得后，選用一套恰當的辦法，將所要的蛋白與其他雜蛋白別離開來。普通這一步的別離用鹽析、等電點沉淀和有機溶劑分級別離等辦法。這些辦法的特性是煩瑣、處置量大，既能除去大量雜質，又能濃縮蛋白溶液。有些蛋白提取液體積較大，又不適于用沉淀或鹽析法濃縮，則可采用超越濾、凝膠過濾、冷凍真空枯燥或其他辦法停止濃縮。
3.細分級別離：樣品經粗分級別離以后，普通體積較小，雜蛋白大局部已被除去。進一步純化，普通運用層析法包括凝膠過濾、離子交流層析、吸附層析以及親和層析等。必要時還可選擇電泳法，包括區帶電泳、等電點聚焦等作為最后的純化步驟。用于細分級別離的辦法普通范圍較小，但分辨率很高。
結晶是蛋白質別離純化的最后步驟。雖然結晶過程并不能保證蛋白一定是均一的，但是只要某種蛋白在溶液中數量上占有優勢時才干構成結晶。結晶過程自身也隨同著一定水平的純化，而重結晶又可除去少量夾雜的蛋白。由于結晶過程中從未發現過變性蛋白，因而蛋白的結晶不只是純度的一個標志，也是判定制品處于自然狀態的有力指標。
蛋白質別離純化的辦法：
一、依據分子大小不同的純化辦法
1、透析和超越濾
2、密度梯度離心
3、凝膠過濾
二、應用溶解度差異的純化辦法
1、等電點沉淀和pH控制
2、蛋白質的鹽析和鹽溶
3、有機溶劑分級別離法
4、溫度對蛋白質濃度的影響
三、依據電荷不同的純化辦法
1、電泳
2、聚丙烯酰胺凝膠電泳
3、毛細管電泳
4、等電聚焦
5、層析聚焦
6、離子交流層析
四、應用選擇性吸附的純化辦法
1、羥磷石灰層析
2、疏水作用層析
五、應用配體的特異生物學親和力的純化辦法
親和層析（affinity chromatography）：
a.凝集素親和層析
b.免疫親和層析
c.金屬螯合層析
d.染料配體層析
e.共價層析
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