分子光譜是分子中電子能級，振動和轉動能級的變化產生的，表現為帶光譜。
屬于這類分析方法的有，紫外可見分光光度法(UV-Vis),紅外光譜法（IR)分子熒光光譜法（MFS)和分子磷光光譜法(MPS)，核磁共振與順磁共振波譜（N）等。
樣品本身被激發，然后回到基態，發射出特征光譜。發射光譜一般沒有光源，如果有光源那也是作為波長確認之用。在測定時該光源也肯定處于關閉狀態。
吸收光譜都有光源，測定時光源始終工作，并且光源、樣品、檢測器在一直線上。如果不在一直線上，則可能是熒光光譜。
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