常用兩種方法：
①轉化或轉染，方法是將重組質粒DNA或噬菌體DNA(M13)與氯化鈣處理過的宿主細胞混合置于冰上，待DNA被吸收后鋪在平板培養基上，再根據實驗設計使用選擇性培養基篩選重組子，通常重組分子的轉化效率比非重組DNA低，原因是連接效率不高，有許多DNA分子無轉化能力，而且重組后的DNA分子比原載體DNA分子大，轉化困難。
②轉導，病毒類侵染宿主菌的過程稱為轉導，一般轉導的效率比轉化高。
