分子對接計算中如何確定對接口袋？（三）

在殷賦云計算平臺上定義對接口袋

說了這么多，分子對接中使用游離蛋白作為受體時，又該如何定義對接口袋呢？

計算平臺為我們提供了三種定義口袋的方式，對于復合物蛋白，可以通過“選擇文件”選擇之前就提取出來的配體分子進行定義（詳見平臺教程，在微信公眾號首頁回復“計算教程”即可獲得下載鏈接）；對于游離蛋白，可通過上傳包含口袋信息的分子文件或者通過下拉列表選擇口袋中的氨基酸殘基來定義。

還是以1UWH為例，我們把蛋白擺放到與上圖差不多的角度，就知道口袋的大致位置（下圖綠圈），然后在口袋中找一個或幾個氨基酸殘基（要求其原子集合的幾何中心盡量接近口袋中心），把鼠標放至其上，就會顯示出相關信息（下圖黃圈）。然后，在下拉列表中勾選這些殘基（下圖紅框）即可。

（在殷賦云計算平臺上通過指定氨基酸殘基的方式來定義對接口袋）

另一種更便捷的方式是，上傳一個指明口袋中心的分子文件（使用pdb、mol2、sdf等常用格式[2-4]）到平臺，平臺會計算它們的幾何中心，從而確定對接口袋的中心位置。比如，用文本編輯器NotePad++打開POCASA輸出文件1uwh_TopN_pockets.pdb，刪除Pocket C~F的信息，保留Pocket A和B的信息，保存pdb文件，上傳到平臺。POCASA非常貼心地為各個Pocket分配了不同的鏈名A~F；根據上面提到的Rank order信息，Pocket A的殘基名為222、Pocket B為146。據此，可以迅速找到兩個Pocket的所有信息。

（用文本編輯器處理POCASA輸出文件中的Pocket信息）

（通過上傳刪減的POCASA 1uwh_TopN_pockets.pdb文件來定義對接口袋）

當然，該方式不限于POCASA的輸出文件，也可以使用其他預測軟件的輸出文件，還可以上傳自己創建的文件，比如通過PyMOL等軟件在口袋中選擇若干氨基酸殘基，保存為pdb文件。如果格式不正確，平臺會拋出異常錯誤。對于不太了解分子文件格式的用戶，建議使用下拉列表的方式來定義對接口袋。

【下期預告】我們將在下期發布Vina和Dock6方案的5分鐘分子對接視頻教程，敬請期待。

參考文獻

1. Tina Seifert et al. Identification of the Binding Site of Chroman-4-one-Based Sirtuin 2-Selective Inhibitors using Photoaffinity Labeling in Combination with Tandem Mass Spectrometry. J. Med. Chem. 2016, 59, 23: 10794-99. DOI:10.1021/acs.jmedchem.6b01117

2. PDB格式：http://www.wwpdb.org/documentation/file-format-content/format33/v3.3.html

Mol2格式：http://chemyang.ccnu.edu.cn/ccb/server/AIMMS/mol2.pdf 或http://www.csb.yale.edu/userguides/datamanip/dock/DOCK_4.0.1/html/Manual.41.html

SDF格式：http://www.nonlinear.com/progenesis/sdf-studio/v0.9/faq/sdf-file-format-guidance.aspx或http://link.fyicenter.com/out.php?ID=571