分子標記(Molecular Genetic Markers)是以個體間遺傳物質內核苷酸序列變異為基礎的遺傳標記，是 DNA 水平遺傳多態性的直接的反映。
與其他幾種遺傳標記——形態標記、同工酶標記、細胞標記相比，DNA 分子標記具有的優越性有：大多數分子標記為共顯性，對隱性的農藝性狀的選擇十分便利；基因組變異極其豐富，分子標記的數量幾乎是無限的；
在生物發育的不同階段，不同組織的 DNA 都可用于標記分析；
分子標記揭示來自 DNA 的變異；
表現為中性，不影響目標性狀的表達，與不良性狀無連鎖；檢測手段簡單、迅速。
隨著分子生物學技術的發展，現在DNA分子標記技術已有數十種，廣泛應用于作物遺傳育種、基因組作圖、基因定位、植物親緣關系鑒別、基因庫構建、基因克隆等方面。