近年來分子模擬技術發展迅速并在多個學科領域得到了廣泛的應用。
在藥物設計領域，可用于研究病毒、藥物的作用機理等；
在生物科學領域，可用于表征蛋白質的多級結構與性質；在材料學領域，可用于研究結構與力學性能、材料的優化設計等；
在化學領域，可用于研究表面催化及機理等；
在石油化工領域，可用于分子篩催化劑結構表征、合成設計、吸附擴散，可構建和表征高分子鏈以及晶態或非晶態本體聚合物的結構，預測包括共混行為、機械性質、擴散、內聚與潤濕以及表面粘接等在內的重要性質。
