內臟的病理變化和功能障礙也是造成代謝病的重要原因。例如腎功能衰竭可造成蛋白質、脂肪、水及電解質等的代謝變化。腎病綜合征患者長期從尿中損失蛋白質,可出現；腎小球濾過率降低,氮代謝產物不易排出，磷酸、硫酸、尿酸、肌酐及尿素氮在血內堆積，造成氮質血癥及代謝性酸中毒；水和鉀排泄障礙，引起浮腫和高鉀血癥等；患腎病綜合征時，也可出現極低密度脂蛋白及低密度脂蛋白清除障礙，使血漿膽固醇和甘油三酯升高，發生高脂蛋白血癥；腎功能衰竭時，血磷升高，血鈣降低，25-羥維生素D不能在腎臟羥化為1，25-二羥維生素D,甲狀旁腺激素繼發性分泌增多以及酸中毒等，造成鈣磷代謝紊亂和代謝性骨病。
一些外界因素如藥物、食物也可造成各種代謝病。抗癲癇藥如巴比妥鈉、苯妥英鈉可促進肝微粒體酶的活性，加速維生素 D和25-羥維生素D在肝內的分解，因此，長期應用這類藥物后，血25-羥維生素D降低，繼之血中鈣、磷降低，堿性磷酸酶增高，出現骨軟化。經常進食含過多脂肪和膽固醇食物的人，容易發生高脂蛋白血癥、動脈硬化和膽石癥。（生酮飲食除外）