在高半胱氨酸復雜的轉化過程中，有幾種關鍵物質在左右著這些反應，它們是甜菜堿、維生素B6、維生素B12、以及葉酸。同時，人體99%的高半胱氨酸在腎臟代謝，70%經腎臟清除。了解了這些，我們就不難理解高半胱氨酸升高的原因：
1、遺傳因素：基因缺陷或突變導致高半胱氨酸代謝必需的酶缺乏。
2、營養狀況的影響：攝入的維生素B6、維生素B12、葉酸不足，造成體內維生素、葉酸的缺乏，也可引起高半胱氨酸在體內堆積。
3、腎功能衰竭：進行血液透析的腎病患者，其血中高半胱氨酸水平可達到正常人的2～4倍，且發生血管栓塞性癥狀的幾率顯著增加。
4、一些藥物如卡馬西平、異煙肼，以及一些疾病如惡性腫瘤、銀屑病、甲狀腺功能低下等，也可導致高半胱氨酸的增高。
此外，生活方式也對血中高半胱氨酸的濃度有影響，比如大量地攝入咖啡、酒精、吸煙等均可導致高半胱氨酸的升高。