理想的分離方法應分離徹底、迅速；分離試劑和過程不影響反應平衡，而且效果不受反應介質因素的影響；操作應簡單、重復性好以及經濟。方法：
1. 第二抗體沉淀法：反應完成后加入二抗形成復合沉淀。為增強效果可加入一定量的與一抗同種動物的血清或IgG，或是將二抗與某些顆粒固相物連接。
2. 聚乙二醇（PEG）沉淀法：能非特異地沉淀抗原抗體復合物等大分子蛋白質，而不沉淀小分子抗原。當溫度髙于30℃時，沉淀物易復溶。
3. PR試劑法 先將二抗與PEG按一定比例混合成懸液后進行試驗。此法保留了二者的優點，節省了二者的用量，且分離迅速，簡便。
4. 活性炭吸附法：活性炭可吸附小分子游離抗原或半抗原，而大分子蛋白（如抗體和免疫復合物）則留在溶液中。