分配色譜儀填充柱柱管的選擇包括柱管材質和柱管尺寸等方面。
一、柱管材質：
常用的填充柱有玻璃管柱、金屬管柱和塑料管柱。
1、玻璃管柱：
（1）材質：硼硅玻璃。
（2）特點：化學惰性好，柱效高，易碎。
（3）使用事項：使用時等柱冷卻后才能停止通載氣。
（4）應用：適用于強極性化合物的分離。
2、金屬管柱：
（1）材質：主要為不銹鋼。
（2）特點：不易損壞，看不見柱內。
（3）使用事項：使用前用布擦凈內壁，再用10%熱過氧化氫溶液浸泡，zui后用水沖洗至中性。
（4）應用：適用于脂肪酸酯和烴類化合物的分離。
3、塑料管柱：
（1）材質：多為聚四氟乙烯。
（2）特點：化學惰性好，柱效不高。
（3）使用事項：zui高使用溫度不超過260℃。
（4）應用：適用于其它填充柱不好分離的樣品分離，如HCl和Cl2等。
二、柱管尺寸：
柱管尺寸規格多，以適應不同樣品分離目的、載體粒度、載氣流量和儀器的要求。
分析柱外徑有3.18mm、4.76mm和6.35mm；前兩種內徑為2mm，后一種內徑為2mm、3mm和4mm；柱長多在3m以內；柱形有U形和螺旋形，U形柱柱效較高，螺旋柱的螺管直徑比柱內徑大15倍才可獲得較好柱效。
柱內徑越小，應填裝粒度更小的固定相，才可獲得更高的柱效。但柱容量隨之減小，柱壓降隨之增大。
填充柱尺寸與載體粒度、載氣流量的關系如下：
1、柱內徑2mm：
（1）載體粒度：柱長＜3m時為100～120目，柱長＞3m時為80～100目。
（2）載氣流量：N2為8～15mL/min，H2為15～30mL/min。
2、柱內徑3mm：
（1）載體粒度：柱長＜3m時為100～120目，柱長＞3m時為80～100目。
（2）載氣流量：N2為15～30L/min，H2為30～60mL/min。
3、柱內徑4mm：
（1）載體粒度：柱長＜3m時為80～100目，柱長＞3m時為60～80目。
（2）載氣流量：N2為30～60L/min，H2為60～100mL/min。