剛果錐蟲病的地理分布范圍只限于非洲大陸，北緯14°與南緯29°之間。現在，于40個非洲國家中約6億人口的健康受到本病的威脅；約有50萬人口被感染，如未得到治療則必將死亡。據WHO報道每年發生的新病例按正式報道的就有25000人。但其真實發病率及病死率要多得多，因為其監測受到限制，很多患者未得到診斷與治療即病死于鄉村。過去的10年內，在烏干達、坦桑尼亞、莫桑比克、安哥拉、扎伊爾和蘇丹等國家內有回潮現象，其流行經常與社會經濟狀況的惡化、戰爭和自然災害有關。
剛果錐蟲病的分布與采采蠅的分布密切有關。采采蠅嗜潮濕，主要見于濕熱的非洲叢林、灌木叢、大草原與河谷地帶，本病也以這些地區為多。如在20世紀開始，在扎伊爾河沿岸及維多利亞湖的北岸地區流行猖獗，估計死于本病者達75萬人。岡比亞錐蟲病分布于西部和中部，故又名中、西非睡眠病。羅得西亞錐蟲病分布于東部，故又名東非睡眠病。
旅行者與脫離流行區移居國外者睡眠病患者少見。北半球報道每年輸入病例僅有少數。但當今國際交往增多，在非流行區也應對本病給予應有的警惕。
傳染源
岡比亞錐蟲病的傳染源主要為患者，因多為慢性，并有無癥狀帶蟲者，一些家畜如牛、豬和野生動物如羚羊也可為貯存宿主。羅得西亞錐蟲病的主要貯存宿主為家畜和非洲羚羊、獅、獵狗、猴等野生動物，患者也可為傳染源。
傳播途徑
本病傳播媒介為采采蠅，屬舌蠅屬。在非洲有數十種，其中部分可傳播本病。傳播岡比亞錐蟲病者主要為淡舌蠅（G．palpalis）、G．tachinoides與G．fuscipes；傳播羅得西亞錐蟲病者主要為刺舌蠅（G．moristans）與G．fuscipes。錐蟲病也可有先天感染、輸血感染及機械感染的報道，但僅為少數。
人群易感性
人體對錐蟲病普遍易感，但岡比亞錐蟲病患者主要為兒童和婦女，而羅得西亞錐蟲病患者主要為獵人、漁民和采蜜工。