利用三代測序解析腸道菌群結構變異和功能

原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2022/6/481751.shtm

中科院微生物研究所王軍課題組和動物研究所宋默識課題組合作，建立了ONT三代測序和Illumina二代測序數據混合組裝和后續分析流程。在mock community上的驗證表明，三代和二代測序數據的混合組裝從完整度、準確程度以及編碼密度方面均比單純二代或者三代測序組裝更有優勢。相關研究近日發表于《自然—通訊》。

近十年來，腸道微生物組已成為生命科學研究領域的熱點，但目前大部分研究都集中在使用二代測序技術進行物種和功能的解析，宏基因組的拼接質量不高并且很難實現菌株水平的功能差異分析。

該研究基于三代ONT序列，提高了宏基因組裝的質量、SV的發現能力，發現了大量包括插入突變和基因倒位在內的結構變異對于菌株水平上基因功能的影響，以及噬菌體、CRISPR-spacer等系統的深度挖掘。

這項研究是課題組利用三代Nanopore測序技術解析腸道病毒組，近期發表的真菌組分析方法和靶向RNA檢測病原微生物之后，在利用三代Nanopore測序技術探索腸道微生物研究領域的新進展。作者表示，這一發現對未來更精細的精準醫學領域的發展提供了理論啟發。