種子發芽需要合適的環境條件的刺激，而現在研發的種子發芽室能夠提供種子發芽合適的環境，保證種子的順利萌發，那么種子發芽室都能控制那些條件呢？
1.光照
大多數種的種子可在光照或黑暗條件下發芽，但一般采用光照。需光種子的光照強度為750～1250Lx，如在變溫條件下發芽，光照應在8h高溫時段進行。種子發芽室可以精準控制光照的強度，為不同的種子設置不同的光照條件。
2.溫度
溫度是種子萌發的另外一個重要條件，種子發芽室也可以對此精準控制，種子發芽室可以限定溫度的最大值，一般來說當規定用變溫時，通常應保持低溫16h及高溫8h。如是休眠種子，應在1h或更短時間內完成急劇變溫或將試驗移到另一個溫度較低的種子發芽室內。
3.水分和通氣
種子發芽室還具備加濕和通氣的功能，水分是種子萌發的必要條件，因此在進行種子發芽試驗的時候，需要根據發芽床和種子特性決定發芽床的加水量。
基本上，種子發芽室能夠對不同種子萌發所需的環境進行控制，因此對于育種或種子檢驗人員而言，避免了室外環境對種子發芽的影響，大大縮短了試驗的周期，為種子的育種工作提供了不少便利。