別構酶多為寡聚酶，含有兩個或多個亞基。
其分子中包括兩個中心：一個是與底物結合、催化底物反應的活性中心；另一個是與調節物結合、調節反應速度的別構中心。兩個中心可能位于同一亞基上，也可能位于不同亞基上。在后一種情況中，存在別構中心的亞基稱為調節亞基。別構酶是通過酶分子本身構象變化來改變酶的活性。
