原腸胚形成的方式和過程也比較復雜，僅介紹一般的三種方式：
1.內陷：囊胚期植物極細胞向內陷入，形成兩層細胞。外層的為外胚層，內陷的一層為內胚層，內胚層包圍的腔為原腸腔，原腸腔與外界相通的孔為胚孔，中胚層由胚孔部分向內卷入，介入內外胚層間。
2.內移：囊胚一部分細胞移入內部形成內胚層。
3.外包：動物極細胞分裂快，植物極細胞卵黃多，分裂慢，其結果動物極細胞逐漸向下包圍植物極，形成外胚層，被包圍的植物極成為內胚層。
由上述的方法中可見，動物極形成外胚層，植物極形成內胚層。
