蛋白質在大腸桿菌中的高水平表達,常常導致形成相差顯微鏡下可見的細胞質顆粒或包涵體。這些由表達蛋白聚集成的包涵體很容易與可溶性蛋白和膜結合蛋白分離。高水平表達外源蛋白的細菌經離心濃縮后,可通過機械法、超聲處理法或溶菌酶加去污劑的方法進行裂解。包涵體經離心沉淀后,可用Triton X-100和EDTA或用尿素洗滌。多數情況下,調整洗滌條件可使包涵體中外源蛋白的純度達到90%以上。