化學發光成像系統可用于ECL、ECL PLUS、Southern、CDP Star、CSPD、Northern和Western雜交的化學發光等各種化學發光曝光后的樣品檢測。
也可用于用熒光素酶(luciferase)基因標記細胞或DNA的生物發光檢測。如果配備紫外、紅、綠、藍等激發光源,還可以進行多色熒光,實現同時檢測兩種以上的目標蛋白。