醫用生物安全柜緩慢移動原則：為了避免影響正常的風路狀態，柜內操作控制時手應該盡量平緩移動。
醫用生物安全柜物品平行擺放原則：為了避免物品和物品之間的交叉污染現象產生，在柜內擺放的物品應該盡量呈橫向一字擺開，避免回風過程中造成交叉污染。生物安全柜是為操作原代培養物、菌毒株以及診斷性標本等具有感染性的實驗材料時，用來保護操作者本人、實驗室環境以及實驗材料，使其避免暴露于上述操作過程中可能產生的感染性氣溶膠和濺出物而設計的。同時避免阻塞背部回風隔柵影響正常風路。
醫用生物安全柜避免震動原則：柜內盡量避免震動儀器設備（例如離心機、旋渦振蕩器等）的使用，因為震動會使得積留在濾膜上的顆粒物質抖落，導致（使產生，促成）操作控制室內部潔凈度降低，同時如果在前操作面平衡失敗還會引起安全柜對操作者的污染。生物安全柜是為操作原代培養物、菌毒株以及診斷性標本等具有感染性的實驗材料時，用來保護操作者本人、實驗室環境以及實驗材料，使其避免暴露于上述操作過程中可能產生的感染性氣溶膠和濺出物而設計的。
不同樣品醫用生物安全柜內移動原則：柜內兩種及以上物品需要移動時，一定遵循低感染性物品向高污染性物品移動原則，避免污染性高的物品在移動過程中產生對柜體內部的大面積污染。生物安全柜是為操作原代培養物、菌毒株以及診斷性標本等具有感染性的實驗材料時，用來保護操作者本人、實驗室環境以及實驗材料，使其避免暴露于上述操作過程中可能產生的感染性氣溶膠和濺出物而設計的。
醫用生物安全柜明火使用原則：柜內盡量不要使用明火。因為在明火使用過程中產生的細小顆粒雜質將被帶入濾膜區域，這些高溫雜質會損傷濾膜。沒有辦法避免一定需要使用的時候，宜使用低火苗的本生燈。