不足之處主要有：難以確定PCR是否正處于線性擴增范圍內（只有在此范圍內PCR產物信號才與初始模板的拷貝數成比例）；
線性擴增范圍確定以后，如何找到一個合適的方法檢測結果；
大多數是終點檢測，即PCR到達平臺期后進行檢測，重現性差。
由此獲得的定量準確度有限，因此，只用于粗略地估計目標基因表達水平的研究。
