單克隆抗體和多克隆抗體的最大的區別在于特異性上的差別。因此實驗中如果對抗體的特異性有一定的需求，但并不是特別強調的話，可以選擇定制多克隆抗體，這樣的實驗一般包含Western-Blot(WB)，IP等。如果您需要抗體用于流式細胞術時，那么最好選擇單克隆抗體。
另外，在研究很多新的蛋白時，并不確定新蛋白是否很重要，是否會是將來很長一段時間的研究重點，所以抗體用量也不大。在定制新的蛋白的抗體時，我們強烈建議首先制備多抗用于實驗，當得到了理想的實驗結果并需要長期的使用該抗體時再考慮制備單抗。
最后，一般修飾性抗體大多數研究員會選擇定制多克隆抗體，比如甲基化抗體等，這主要是從抗體的制備難度上來考慮的。