隨著核酸探針雜交技術的應用，使對單核細胞增生性李斯特氏菌的檢測進入了分子水平。
1、探針檢測技術
這一技術是最早應用于李斯特氏菌檢測的分子生物學技術。早在1988年，Atin 等就克隆出李斯特氏菌β溶血素基因的一個500bp DNA 片斷并測序，以此序列合成4種寡核苷酸探針，以32P 標記該探針，經斑點雜交實驗證實，該探針只與李斯特氏菌反應，與其他種的李斯特氏菌和屬外的細菌均呈陰性，表現出很好的特異性。但探針雜交無法分辨死菌和活菌，盡管通過增菌可使死菌比例減少，相對地減少假陽性，但并不能完全杜絕假陽性結果。隨著探針技術的逐漸成熟，人們開始關注將多個DNA 特異性探針固定到芯片上，制成基因芯片。基因芯片的特點是可同時檢測多種菌，可以減少實驗次數，并且檢測所需的引物較少。
2、聚合酶鏈式反應（poly merase chain reaction ，PCR）檢測技術
PCR 的發展已經相當成熟，廣泛應用于李斯特氏菌的檢測。PCR 擴增特異性引物一種是依據李斯特氏菌的特異毒力基因序列而設計，一種是依據李斯特氏菌基因組中特異序列而設計。常用的靶序列為hly A 、iap 、inl 、Dth-18等毒力基因。利用PCR 方法來檢測李斯特氏菌的優點是方法的特異性好，不足之處是靈敏度較低；將樣品培養物經化學抽提后再進行擴增，提高了樣品的檢出率；并且可以檢測到傳統增菌方法不能檢出的“活的非可培養”的李斯特氏菌。PCR 技術還可對李斯特氏菌進行定量檢測。例如Nogva 等運用5′-核酸酶PCR 對單增李斯特氏菌定量；Choia 等運用cPCR 對李斯特氏菌進行定量；Long 等以hly 為靶基因，采用PCRELISA聯合檢測技術。