1.B型超聲
B型超聲檢查診斷肝囊腫具有敏感性高、無創傷、簡便易行等優點，<1cm的囊腫也易檢出，準確率達98%，而且能確定囊腫的性質、部位、大小、數目及累及肝臟的范圍，為本病的首選檢查方法。肝囊腫的聲像圖表現為肝內有圓形或橢圓形液性暗區，囊壁菲薄，邊緣整齊光滑，與周圍組織境界清楚，囊腫后壁及深部組織回聲增強，壁常伴折射聲影。
2.CT掃描
CT檢查能準確顯示肝囊腫的部位、大小、范圍及性質，確診率達98%。CT片上肝囊腫為境界清楚、密度均勻、圓形或橢圓的低密度區，靜脈造影后無增強表現。
3.核素掃描
核素掃描有助于肝囊腫的定位診斷，顯示肝內有邊緣整齊光滑的占位性病變，但與肝膿腫、肝癌的掃描結果相似，難以鑒別，臨床上已很少使用。
4.選擇性血管造影
肝動脈造影見肝囊腫呈圓形、邊緣清晰的無血管區，其周圍血管被推移呈弓形。
5.腹腔鏡檢查
腹腔鏡檢查對表淺的單純性囊腫的診斷有價值，并可指導穿刺抽液。
6.X線檢查
X線表現可因囊腫的大小、位置而異，可有肝臟增大、膈肌抬高和胃腸受壓移位等現象。單發囊腫有時囊壁出現鈣化影。