螺旋酶沿復制叉方向向前推進產生了一段單鏈區，但是這種單鏈DNA不會長久存在，會很快重新配對形成雙鏈DNA或被核酸酶降解。然而，在細胞內有大量單鏈DNA結合蛋白(single strand DNA binding protein SSBP)能很快地和單鏈DNA結合，防止其重新配對形成雙鏈DNA或被核酸酶降解。SSBP與螺旋酶不一樣，它不具備酶的活性，不和ATP結合。在大腸桿菌細胞中主要SSBP是177肽所組成的四聚體，可以和單鏈DNA上相鄰的32個核苷酸結合。一個SSBP四聚體結合于單鏈DNA上可以促進其他SSBP四聚體與其相鄰的單鏈DNA結合，這個過程稱為協同結合(cooperative binding)，SSBP結合到單鏈DNA上后，使其呈伸展狀態，沒有彎曲和結節，有利于單鏈DNA作為模板。SSBP可以重復使用，當新生的DNA鏈合成到某一位置時，該處的SSBP便會脫落，并被重復利用。