卵圓孔的形成在胚胎發育至第6、7周時，心房間隔先后發出2個隔，先出現的隔為原發隔或稱第一隔，后出現的隔為繼發隔或稱第二隔，原發隔自心房中線背側壁呈半月形長出，向房室管生長與心內膜墊融合，與房室隔尾端部留一小孔，稱為原發孔。在原發孔未閉合前，原發隔近頭端部分形成一孔，稱繼發孔，是胎兒時期的血液的正常通道。同時在第一隔的右側由心房壁上又長出一鐮狀形隔，稱繼發隔或稱第二隔，此隔不繼續生長分離心房中途停止，鐮狀形凹陷呈卵圓形稱卵圓窩，卵圓窩處原發隔與繼發隔未能粘連融合留下一小裂隙稱卵圓孔。新生兒出生時，隨著第一聲啼哭，左心房壓力升高，使左側的原發隔部分緊貼在右側的繼發隔上，發生功能性閉合，1年內達到解剖上的閉合。若年齡>3歲的幼兒卵圓孔仍不閉合稱為卵圓孔未閉。