厭氧菌是人體正常菌群的組成部分，廣泛存在于人體皮膚和腔道的深部黏膜表面，在組織缺血、壞死，或者需氧菌感染的情況下，導致局部組織的氧濃度降低，才發生厭氧菌感染。
抗厭氧菌類藥物主要為硝基咪唑類，包括甲硝唑和替硝唑等。因為便宜，副作用小，不易產生細菌耐藥，所以應用廣泛，其中甲硝唑使用最多，但細菌對甲硝唑的耐藥性也在不斷增加。厭氧菌感染，要用甲硝唑或替硝唑。
在治療某些感染性疾病時，有時候即使使用再高級的抗生素，效果也不好，反而導致菌群失調，加重病情。這種情況，可能是因為我們忽視了對厭氧菌的治療。
