耐格里原蟲首先進入人體鼻腔，通過嗅神經上皮的支持細胞，以吞噬方式攝入，然后沿著無髓鞘的嗅神經終絲軸系膜空間，穿過篩板后，到達含有腦脊液的亞蛛網膜空間進行增生，并由此擴散而入侵中樞神經系統，形成出血性壞死和膿腫等組織病理學特征，原蟲可進入腦室系統到達脈絡膜的神經叢引起脈絡膜神經炎與急性室管膜炎，原發性阿米巴腦膜腦炎的組織病理學特征為大腦半球及小腦呈現嚴重水腫；小腦扁桃體突出與充血；嗅球嗅泡明顯壞死，出血，有中等數量的膿性滲出液；眼眶前部皮質也出現壞死，出血，膿腫；第三，四，六腦神經癱瘓，在血管間隙，嗅神經的無髓鞘軸突神經叢處和膿性滲出物均可發現滋養體，但無包囊。