潛伏期較短，一般僅3～5天，最多7～15天，早期會出現味覺和嗅覺異常，此為病原體侵入的反應，常以劇烈頭痛，高熱，噴射性嘔吐等癥狀開始，繼則出現全身性或局限性癲癇發作，并有明顯的腦膜刺激癥狀，如頸項強直，凱爾尼格征及布魯津斯基征陽性等，多數在數天內轉入譫妄，癱瘓及昏迷，由于本病為一種暴發性和致命性的腦膜腦炎，患者體內幾乎來不及引起保護性的細胞和體液免疫反應，因此，常在1周內因嚴重腦水腫，導致呼吸，循環中樞衰竭而死亡，據報道目前所有原發性阿米巴腦膜腦炎病例中，經醫院搶救后幸存者不足10例。
