光譜干擾是指在單色器的光譜通帶內，除了待測元素的分析線之外，還存在與其相鄰的其他譜線而引起的干擾，常見的有以下三種。
1、吸收線重疊
一些元素譜線與其他元素譜線重疊，相互干擾。可另選靈敏度較高而干涉少的分析線抑制干擾或采用化學分離方法除去干擾元素。
2、光譜通帶內的非吸收線
這是與光源有關的光譜干擾，即光源不僅發射被測元素的共振線，往往發射與其鄰近的非吸收線。對于這些多重發射，被測元素的原子若不吸收，它們被監測器檢測，產生一個不變的背景型號，使被測元素的測定敏感度降低；若被測元素的原子對這些發射線產生吸收，將使測定結果不正確，產生較大的正誤差。
消除方法，可以減小狹縫寬度，使光譜通帶小到可以阻擋多重發射的譜線，若波長差很小，則應另選分析線，降低燈電流也可以減少多重發射。
3、背景干擾和抑制
背景干擾包括分子吸收、光散射等。
分子吸收是原子化過程中生成的堿金屬和堿土金屬的鹵化物、氧化物、氫氧化物等的吸收和火焰氣體的吸收，是一種帶狀光譜，會在一定波長范圍內產生干擾。
光散射是原子化過程中產生的微笑固體顆粒使光產生散射，吸光度增加，造成假吸收。波長越短，散射影響越大。
背景干擾都使吸光度增大，產生誤差。石墨爐原子化法背景吸收干擾比火焰原子化法來得嚴重，有時不扣除背景會給測定結果帶來較大誤差。