1. 用 40 ml MSB 重懸約 2 ml 精核。4℃，10 000 g 離心 10 min（用 Beckman JA-20 轉子 9200 r/min）。
2. 用 4 倍精核顆粒體積的 HSB 溶液重懸核，在杜恩斯勻漿器中用 B 型研磨棒勻漿 40～50 次以釋放寡聚核小體片段。
3. 4℃， 10 000 g 離心 20 min，收集上清液。用 2 mol/L NaCl稀釋樣品并測量 A260 值，計算來自于核的可溶性染色體 DNA 的百分比（通常約 3～4 mg）。
4. 上清液于 4℃ 使用 6～8 kDa MWCO 透析膜對 4L LSB 透析過夜。當收集透析液時， 混勻樣品（擠壓透析帶的兩側）以回收透析過程中沉淀了的聚核小體。
5. 加入 0.1 mol/L CaCl2 至終濃度為 3 mmol/L， 37℃ 溫育樣品 5 min。
6. 加入 50 U/ul 微球菌核酸酶至終濃度為 10 U/ml， 37℃ 溫育 5 min。
7. 加入 0.1 體積的 0.5 mol/L EGTA 終止消化。置冰上。
8. 輕輕渦旋振蕩，一滴一滴的加入 2 mol/L NaCl 至終濃度為 0.6 mol/L。
9. 在 1 in×3.5 in 聚異質同晶離心管中加入 34 ml HSB/甘油兩個（或更多）線性梯度，從上層 10％ 到下層 40％。
10. 將 2 ml 終止的消化反應液小心地加到梯度頂部，4℃，100 000 g 離心 16 h （如 Beckman SW28 轉子 27500 r/min）。
11. 用連著出口管道的 21－G 針頭貼著管子邊緣刺穿管子底部（向上彎的位置）以回收梯度。針頭的斜面邊緣向上，以 30° 角刺破管子，然后將針頭從管子的最底部刺入（不要刺穿管子的另一端）。在管子的頂部蓋上 Parafilm 膜并輕壓使液體流出。每管收集 1～1.5 ml流出液。
12. 取少量流出液用 2 mol/L NaCl 稀釋 10～40 倍并測量 A260 值，以確定流出液中 DNA 的濃度。
13. 取各流出液（＞0.5 ug）經 0.5％ SDS 和 0.5 mg/ml 蛋白酶 K 于 50℃ 處理 1 h，然后進行非變性的 1.5％ 瓊脂糖 TBE 凝膠電泳。并用 0.1 ug/ml 溴化乙錠染色來分析寡聚核小體 DNA 的長度。 溴化乙錠染色的結果將顯示出過消化 DNA 的彌散，一條約 150 bp 的 DNA 條帶（單核小體），以及大約為 150 bp 加上多個長度約 200 bp 的更長的條帶（二聚、三聚、四聚核小體等）。更高聚的成分在柱的空隙中或在梯度的底部。
14. 用 5～20 ul 選擇的流出液在 15％ SDS-PAGE 膠上分析四種核心組蛋白（H2A、H2B、H3、H4 的存在及 H1 的缺失。凝膠使用考馬斯亮藍染色。核心組蛋白的分子質量為 14.1 kDa （H2A）、13.8 kDa （H2B）、15.3 kDa （H3）、11.3 kDa （H4）。H1（21. 5 kDa）可以從大多數 DNA 中分離出來，處于梯度的頂端或柱回收樣品的最末端。
15. 將流出液分為含有單聚及二聚核小體、短的寡聚核小體（3～6 個）、長的寡聚核小體（＞6個）三個成分庫。小心不要混有 DNA 片段＜150 bp （過消化）或含有 H1 的成分。
16. 如果 DNA 濃度較低（＜0.5 mg/ml），將樣品放入 6～8 kDa MWCO 透析袋中，周圍放置固體蔗糖進行濃縮。當體積減少了 2～4 倍時，用水洗掉蔗糖，將透析袋在新的樣品體積處夾緊。
17. 如果不需進行步驟 16，將樣品放入 6～8 kDa MWCO 透析袋中，于 4℃ 對 100 體積的透析緩沖液進行透析 4 h 以上。
18. 分裝液體，在液氮或干冰上速凍，并且可在 -80℃ 保存兩年以上。 展開 | 