單純性腎囊腫究竟為先天性的還是后天性的，尚不明了。其起源可能與多囊腎相似，只不過是程度不同而已。從另一方面說，通過造成腎小管梗阻及局部缺血，可使動物患上單純性腎囊腫。這又提示這種病損還可以是后天性的。隨著囊腫的增大，基壓迫可損壞腎實質，但還不至于使腎功能受損。一個孤立囊腫發生的部位可正好壓迫到輸尿管，從而引起進行性腎積水，這種情形出現后接著可并發感染。Feiner、Katz和Gallo 1980年注意到后天性腎囊腫疾病常見于長期透析患者。Kessel和Tynes1981年觀察到2例腎囊腫自行消退。